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市政协由中国共产党、各民主党派、各人民团体和无党派人士组成，设主席、副主席若干人和秘书长，并设常务委员会主持会务。
南通市政协成立半个世纪以来，在中共南通市委的领导下，坚持中国共产党同各民主党派“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针，充分发扬社会主义民主，运用多种民主形式，组织参加本会的各党派、团体和各族各界人士参政议政，对全市的大政方针及政治、经济、文化和社会生活中的重要问题，提出意见和建议，进行政治协商和民主监督，协助中共南通市委、市政府搞好各个时期的中心工作和社会主义事业。特别是党的十一届三中全会以来，南通市政协按照政治协商和民主监督工作逐步经常化、制度化的要求，加强自身建设，进一步发挥政治协商、民主监督和参政议政的职能作用，认真贯彻执行党的路线、方针、政策，在推进全市改革开放和现代化建设，完善社会主义民主和法制，维护安定团结的政治局面，宣传祖国统一方针政策，巩固和发展爱国统一战线等方面，做了大量富有成效的工作，显示了中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的优越性。
南通市政协至今已历十届。目前，市十届政协主席会议成员有：主席王德忠，副主席袁瑞良、张庆平、季金虎、张永凯、赵闻斌、顾裕岳、徐守铭、刘，秘书长朱进。市十届政协设中共，民盟，致公党，九三学社，民建，民进，农工民主党，共青团、青联，妇联，总工会，工商联，侨联，台联，对外友好，民族宗教，科协，无党派代表人士，科技，经济，农业和农村，文艺，体育，社科，新闻，教育，医卫，特邀等27个界别，现有政协常委会组成人员103名，政协委员528名。
在新的历史时期，南通市政协继续高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，在中共南通市委领导下，牢牢把握团结和民主两大主题，以促进又好又快发展、维护人民群众根本利益、构建和谐南通和全面建设小康社会为重要任务，以推进规范化、制度化、程序化建设为重要保证，全面履行三项主要职能，不断加强自身建设，努力提高工作水平，为推动我市经济社会全面协调可持续发展，促进我市全面小康、全面腾飞、加快现代化建设步伐作出新的贡献 | 